Rukkitainad valmistatakse alati juuretise abil. See on enam kui 5000 aastat tuntud taina kobestamise viis. Lihtsalt selgitades on naturaalselt kääritatud rukkijuuretis rukkijahu  ja vee segu, milles toimuvad üheaegselt käärimis- ja hapendamisprotsess ehk alkohoolne (etanoolne)  ja piimhappeline käärimine. Seda kutsub esile mikroorganismide, peamiselt pärmseente ja piimhappebakterite elutegevus, mille käigus tekivad lisaks etanool ja süsihappegaas. Piimhape annab leivale iseloomuliku hapuka maitse ja muudab leiva paremini seeditavaks, äädikhape vähendab leiva PHd ja takistab hallitusseente kasvu. Etanool osaleb nii lõhna kui ka maitse tugevdamises, süsihappegaas aga kergitamises.

Alkohoolse käärimise kutsuvad esile pärmseened, nii et on ekslik levinud arvamus, nagu saaks leiba valmistada ilma pärmita. Kodus küpsetamisel tekivad metsikud pärmid juuretisesse aja jooksul õhust, samuti lisanduvad koos jahuga. Tehaste juuretises on nii metsikuid kui kultuurpärme, et kindlustada protsesside stabiilsus ja kvaliteet igapäevaste suurte tootmiskoguste puhul. Tänapäeval kasutatakse pärmi puhaskultuure, põhiliselt pärmitüve – Sahharomyces cerevisiae.  Pärm on mikroorganism, mis elab kõige soodsamalt temperatuuril 30-35°C, 40°C juures hakkab juba surema ehk inaktiveerub ning üle 50°C temperatuuri juures surevad kõik pärmirakud. Leib küpseb 260-300°C juures vähemalt 40-50 minutit ning leiva sisu temperatuur on ahjust väljudes 95-98°C – seega on ka kõik algselt leivatainas olnud pärmirakud küpsetamise lõpuks (sarnaselt maitsepärmi tootmise protsessiga) inaktiveeritud ning säilinud on valk, kiudained, vitamiinid ja mineraalid. Sama põhimõte kehtib ka saia ja sepiku kohta – korralikult küpsenud toodetes elus pärmirakke esineda ei saa. Leiburi poolt tellitud Tallinna Veterinaar- ja Toiduameti laboratooriumi poolt  teostatud analüüsid valmis leivast on samuti tõestanud, et küpsetatud tootes elus pärmirakke ei esine.

Optimaalselt käärinud juuretist kasutades küpseb leib ühtlasemalt, on aromaatsem,  maitsvam ja parema poorsusega, elastsem, seda on parem lõigata ja see säilib kauem. Toitumise seisukohast eriti olulisena saab välja tuua, et juuretise bakteriaalne kooslus muudab jahus leiduva tärklise kergemini seeditavateks ja imenduvateks suhkruteks, valgud (s.h. gluteen) aga muutuvad kergesti omastatavateks väärtuslikeks aminohapeteks.  Juuretisega leib aitab kaasa raskemini seeditavate toiduainete, nagu oad, teised teraviljatooted ja köögivili, seedimisele ning nendes leiduvate toitainete omastamisele. Samuti aitab juuretisega leiva söömine maha suruda pärmseene Candida alba, laialt levinud ja palju ebamugavust põhjustava nakkuse levimist seedekulglas. Kõrgelt hinnatakse juuretise mõju fütiinhappele, mida leidub liht- ja täisterajahust küpsetatud leibades. Soodsate toimete kõrval moodustab fütiinhape organismis lahustumatuid ühendeid raua, kaltsiumi, fosfori, magneesiumi ja tsingiga. Need ühendid häirivad seedeprotsessi ja tekitavad kõhugaase. Hapendatud juuretise bakterkond suudab fütiinhappe edukalt neutraliseerida ning kõik jahus leiduvad vajalikud mikroelemendid jäävad organismile kättesaadavaks kogu seedeprotsessi vältel.